病程较长，病情严重的病人，可有局部和全身的并发症。其中局部并发症较为常见，约占 1/4 ，全身并发症不多见，小于 10% ，本病常见的并发症有：
(1) 中毒性结肠扩张：在急性活动期发生，发生率约 2% ，是由于炎症波及结肠肌层及肌间神经丛，以致肠壁张力低下，呈节段性麻痹，肠内容物和气体大量积聚，从而引起急性结肠扩张，肠壁菲薄，病变多见于乙状结肠或横结肠。诱因有低血钾、钡剂灌肠及使用抗胆碱能药物或鸦片类药物等。临床表现为病情迅速恶化，中毒症状明显，伴腹胀、压痛、反跳痛，肠鸣音减弱或消失，白细胞增多， X 线腹平片可见肠腔加宽，结肠袋消失等。容易并发肠穿孔。病死率可达 11% ～ 50% 。
(2) 溃疡穿孔：在结肠扩张基础上易引起溃疡穿孔并发急性弥漫性腹膜炎。
(3) 溃疡出血：因溃疡累及血管发生出血外，低凝血酶原血症亦是一个重要原因。往往因出血量大而需要治疗。
(4) 癌变：癌变的发生与疾病时限和病变范围有关，病程越长，范围越广，癌变越多。发生率约 5% ，比无结肠炎者高 10 倍，多见于结肠炎病变累及全结肠、幼年起病和病史超过 10 年者。
(5) 结肠狭窄和肠梗阻：修复过程中，大量纤维组织形成的瘢痕可引起结肠狭窄和肠梗阻，多见于结肠远端。
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